Un "traitement" permet désormais au mutants d'échapper à ce qu'ils sont et pour la première fois, ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la défiance et la méfiance de l'humanité, ou abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière... Les points de vue des leaders des mutants, Charles Xavier, qui prêche la tolérance, et Magneto, qui croit à la survie des plus adaptés, sont plus que jamais incompatibles et vont déclencher la plus acharnée des batailles...

Si le premier film X-Men avait toutes les qualités de la BD originale et le deuxiüme toutes celle d'un film "professionnel", le troisième long-métrage réunit les deux en un film aux effets spectaculaires, de l'humour et du coeur. Les fanas de Jean Grey et de Wolverine voudront certainement pas rater la scène romantique entre les deux!