Dans un espace utopique au milieu du XXIe siècle, Lincoln Six-Echo décide de se rendre au seul endroit encore libre du monde, nommé "The Island". C'est alors qu'il découvre que toute sa vie est un mensonge et que le système souhaite sa mort. Ensemble avec Jordan Two-Delta, une femme qui partage sa cause, il fuit à ses propres risques et périls...