Alex le Lion, Marty le Zèbre, Melman la Girafe et Gloria, l'Hippopotame coulent des jours tranquilles au zoo de Central Parc. Mais très curieux de découvrir le monde extérieur, ils quittent le zoo en compagnie de quelques pingouins délurés et se retrouvent bientôt sur l'île de Madagascar. Très vite, nos amis découvrent que la vie à l'air libre est très différente de ce dont ils avaient l’habitude…